临床上肝穿刺活组织检查的价值主要有以下八点：
（1）用于多种肝病的鉴别诊断 许多临床诊断比较困难的慢性肝病，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、肝结核、肝肉芽肿、血吸虫病、肝肿瘤、脂肪肝、肝脓肿、原发性胆汁性肝硬化及各种代谢性肝病（肝豆状核变性、肝糖原累积病、肝脏淀粉样变性）等，往往需要通过肝穿刺来了解患者的肝脏病变，为明确诊断提供重要的甚至可能是决定性的依据。
（2）了解肝脏病变的程度和活动性 肝穿刺活组织检查是一种能直接了解肝组织的病理变化，并可以做出较客观、精确诊断的检查方法。有不少慢性乙型肝炎患者，感染肝病病毒时间很长，但抽血化验发现转氨酶异常可能仅有半年时间，肝病病毒含量水平也不高。这样的患者通过肝穿刺能发现慢性肝病是否处于活动期，并能推断其病变的轻重程度。
（3）检测出较为隐匿的肝炎病毒，提供各型病毒性肝炎的病原学诊断依据大部分肝炎病毒是嗜肝病毒，它们大多在肝组织中寄生，只有血清肝病病毒达到一定量时，临床化验才能够检测得到。所以目前仍有一些病毒性肝炎，临床化验显示血清肝病病毒标志物全部是阴性，难以确定其病原。但是，通过肝穿刺，用超敏感免疫组织化学和原位分子杂交技术，可检测出寄生在肝组织中的肝炎病毒。
（4）发现早期、静止或尚在代偿期的肝硬化 肝硬化，特别是肝纤维化在发病早期，通过血液化验、B超检查一般难以发现。但是通过肝脏穿刺检查，可以对肝脏纤维化和早期、静止或尚在代偿期的肝硬化进行精确诊断，并能够鉴别肝硬化临床类型，区分是酒精性肝硬化还是肝炎后肝硬化，以及是否伴有活动性肝炎。一些诊断为慢性无症状肝病病毒携带者的患者，通过肝脏穿刺检查，就发现了是活动性肝硬化或慢性活动性肝炎。
（5）有利于药物的选择和药物的疗效判断 治疗前后肝活检组织病理变化是评判药物治疗效果的可靠指标，为临床药物治疗提供客观的评价依据。目前常用的抗肝病病毒的药物有干扰素与拉米夫定，应用干扰素或拉米夫定进行抗病毒治疗，不仅疗程长，且价格昂贵。治疗前如能进行肝穿刺，根据肝组织炎症活动程度，有选择性和针对性地应用抗病毒药物，将明显提高疗效。
（6）鉴别黄疸的性质和原因 临床上黄疸往往难以确定病因，可做肝活检。它可以确定黄疸是胆红素代谢障碍，或是肝细胞性黄疸，还是胆汁淤积所致，是病毒性还是药物引起。不同的病因，预后和治疗是完全不同的，只有诊断清楚，才能制订正确的诊疗方案。
（7）作为慢性肝炎病情、预后的评判指标 肝穿刺可发现肝组织的病变情况，为病情变化、预后的判断提供客观依据。重型肝炎如以肝细胞水肿为主，则病情较轻，预后较好，病死率较低；如以肝细胞坏死为主，且正常肝细胞残存率较低，则病情严重，预后较差，病死率高。
（8）可以进行诊断性治疗 在B超或CT引导下，有目的性地肝穿刺，可开展肝脓肿穿刺排脓、注射药物，无水酒精瘤内注射治疗肝癌等。在进行穿刺取材、诊断的同时，还可以开展诊断性治疗，做到诊断治疗两不误。
