AFP对原发性肝癌（HCC）的诊断有很大价值。HCC中，70％～90%的患者AFP呈阳性，通常血清AFP的浓度与肿块的大小和肿瘤细胞的分化程度有一定相关性。①早期诊断，在一般人群及高危人群中普查可发现亚临床肝癌的存在，其诊断价值仅次于病理诊断。②鉴别诊断，AFP对HCC中的肝细胞癌有较高的特异性，对转移性肝癌鉴别诊断价值很大。③疗效观察，AFP的浓度变化可有助于观察HCC的疗效。④预测复发，AFP对HCC术后亚临床复发的预测有较大的意义。⑤判断预后，AFP对HCC的预后有一定的提示价值。
AFP在非癌性肝病时常可有一过性升高。急性肝炎、慢性活动性肝炎、肝硬化等疾病时，因肝细胞损伤后的修复和再生，AFP升高，但浓度多低于300μg／L，且随着肝炎的好转，AFP亦随之下降，并逐渐恢复正常。呈“一过性、低浓度阳性”的特点。
