（1）病毒性肝炎：慢性肝炎活动期甲胎蛋白有轻度、中度升高，一般在50～300微克／升，与肝细胞癌不同点为升高幅度低，一般不持续增高，经治疗后降低以至恢复正常。
（2）新生儿肝炎：30％新生儿肝炎可测出甲胎蛋白，发生率随病情的严重度而增加，大多明显增高。此可与先天性胆管闭锁鉴别，后者甲胎蛋白大多正常。
（3）肝硬化：多数病例正常，少数增高。甲胎蛋白的合成可反映肝细胞损害和病变活动的程度，大多低于300～400微克／升，如持续大于400～500微克／升，则要考虑癌变可能。
（4）转移性肝瘤：甲胎蛋白正常或轻度、中度升高，大于500微克／升少见。其他消化系肿瘤无肝转移时绝大多数为阴性，仅个别胃、胰、大肠癌病例甲胎蛋白可阳性。
（5）其他：肝损伤、充血性肝肿大、共济失调、毛细血管扩张症、先天性酪氨酸病、孕妇（3～6个月）、睾丸或卵巢胚胎性肿瘤（如精原细胞瘤、恶性畸胎瘤、卵巢癌等）也常有甲胎蛋白增高。无脑儿和脊椎裂胎儿畸形时，因甲胎蛋白可漏入羊水，故母血或羊水中甲胎蛋白明显增高，具有诊断意义，并可作为终止妊娠的指征。
综上所述，甲胎蛋白检测异常，并非都是肝癌；甲胎蛋白检测正常也不能绝对排除肝癌。需对甲胎蛋白做动态分析，同时辅以B超等影像学检查。
