任何事物都有利有弊，每个人的体质不同，对干扰素的反应也不同，所以，有些乙肝病人就对干扰素有不良反应。
因此，为了早期发现干扰素治疗中的不良反应，除常见不良反应如发热、白细胞及血小板计数下降、脱发等可逆性反应外，一般每3个月一定要检测1次甲状腺功能、血糖和尿常规及肾功能等指标，如治疗前就已经存在血糖或甲状腺功能异常者最好先用胰岛素和二甲双胍等药物控制胰岛素抵抗及相关的甲状腺功能，获得复常后再开始干扰素治疗，同时应每月监测有无甲状腺功能亢进（简称甲亢）或甲状腺功能减退（简称甲减）等。对治疗初已发现患糖尿病者也应先用药物控制好血糖和尿糖，然后再开始干扰素治疗；此外还应定期评估患者的精神状态，有无精神病症状。尤其对出现明显抑郁症或有自杀倾向的患者，应当机立断，立即停药并密切监护。
在疗效观察中，对HBV-DNA已检测不到并发生HBeAg血清转换后6个月须检测HBsAg，因为使用干扰素最为理想的治疗终点是希望持续HBsAg阴转或出现HBsAg血清学转化，即抗HBs出现。而一旦出现原发无应答（即12周时HBV-DNA较基线下降小于1log10拷贝/ml）或治疗过程中的HBV-DNA反跳（即较治疗中HBV-DNA最低水平上升大于2log10拷贝/ml），应换用另一类型的干扰素（如佩乐能换派罗欣，或派罗欣换佩乐能，或国产干扰素换进口干扰素）后再观察12周，也可在医患沟通后改用或加用核苷（酸）类似物。
总之，在使用干扰素过程中要做到及时检查，出现不良反应要及时更换药物。
