新生儿应该在一出生就马上注射乙肝疫苗，拖得时间越长，新生儿感染的机率就越大。有资料显示若在出生之后十几个小时再注射疫苗，新生儿感染的机率可达到20%-30%。
乙肝疫苗免疫后产生的表面抗体水平随年龄增加而有所降低或不被检出，并不意味着保护性消失，当受乙肝病毒感染可引起有效的表面抗体回忆反应（调查表明，初免时无免疫应答或低免变应答者，仍有发生乙肝病毒感染的可能，但低免疫应答者的危险性大大低于无免疫应答者）。乙肝疫苗在新生儿中普遍使用，可使乙肝病毒在我国的传播在一代中得到控制，关键在于提高免疫接种率，新生儿乙肝疫苗常规接种后，至少9年内不必加强免疫。
接种疫苗后需要按0，1，6正规疗程接种，接种最后一针后需要抽血检查，看表面抗体是否产生，必须产生表面抗体才具有保护作用。
