慢性乙肝病毒携带者大多数是儿童和青年人，免疫耐受性强，免疫清除力就弱，但肝组织没有损伤，肝功能正常。对乙肝病毒的免疫耐受性，是机体要保护你免受乙肝病毒的伤害，是在婴幼儿时期与乙肝病毒接触过程中形成的保护力，是在低年龄时期保护健康的一种积极因素。免疫耐受期可以维持15年左右。
母婴传播的乙肝病毒携带者多有比较完整的免疫耐受性，肝组织无炎症或炎症很轻，肝功能正常。免疫耐受期有时不很稳定，慢性乙肝病毒携带者中有25％的人T细胞会被激活而进入免疫活动期，对乙肝病毒产生免疫清除力，就会发生活动性慢性乙型肝炎。轻重不等的慢性乙型肝炎有程度不同、不完全的耐受性。免疫耐受性削弱后就发生了慢性乙肝活动，虽有一定程度的免疫清除力，但不充分，平均病毒水平会比携带者低一些，但有轻重不等的肝细胞损伤，因而在目前还没有有效手段前，不提倡在免疫耐受期“打草惊蛇”，即进行抗病毒治疗。
