抗HBe是HBeAg刺激机体而产生的相应抗体，是继抗HBc后出现的第二个感染性抗体，无保护作用。由于抗HBe和HBeAg不会同时在血清中出现，故过去认为抗HBe阳性则表示体内无HBV存在，无传染性，是预后良好的标志。但近年来研究表明，部分患者抗HBe阳性时，其血清中HBeAg已作为病毒被整合于肝细胞，虽然传染性降低但并非绝对无传染性。从而认为抗HBe也是HBV复制的指标之一，但没有HBeAg阳性者活跃。抗HBe检出率以无症状的HBsAg携带者为最高，慢性迁延性肝炎次之，慢性活动性肝炎最低。有人通过对无症状HBsAg携带者的研究，认为其可分为两种类型：
①有病毒复制，HBV-DNA阳性，有传染性。
②无病毒复制，HBV-DNA阴性，无传染性。
另有人研究发现，抗HBe阳性、无症状HBsAg携带者中约1／3的血清中兼有HBeAg。多数抗HBe阳性、无症状HBsAg携带者的血清中测不到HBV-DNA等病毒复制指标，但可从肝细胞核中检出整合的HBV-DNA片断，并有慢性活动性肝炎的病理改变。还有人认为血清中HBeAg阳性，通常伴有HBV肝内复制整合，而抗HBe阳性者，肝内含有合成HBsAg的HBV-DNA整合的肝细胞，可能是发展为原发性肝癌的第一步。也有人报道抗HBe与AFP具有非常显著的相关性。
目前有人认为抗HBe阳性而HBeAg阴性，可能是HBV前C基因突变株感染引起，是慢性肝炎的特异性，易引起重症肝炎。
综上所述，抗HBe的意义较复杂，但一般认为有以下几点：
①抗HBe阳性表示传染性低，病毒复制弱。
②阴性表示病情稳定，预后较好，但少数情况例外。故凡抗HBe阳性者，对预后不能太乐观，需要密切随访，及时检测AFP，警惕原发性肝癌，特别是伴有肝硬化的患者。另一些抗HBe阳性慢性活动性肝炎者，可通过自身免疫产生严重的肝损害。
③估计预后，抗HBe阳转出现在HBeAg阴转后早期（2周以内），可能预示急性肝炎恢复顺利；如出现在晚期（HBeAg阴转后6周以上）或不出现抗HBe，则提示病程迁延，可能发展为慢性迁延性肝炎或慢性活动性肝炎。
