HBeAg在HBV的核心内，由于不能与核酸结合，而被分泌到肝细胞之外。在外周血液中，HBeAg以游离型和结合型（与球蛋白）混合存在。由于产生HBeAg的前体是来自HBV复制过程中的前基因RNA，故外周血液可溶性HBeAg是HBV复制过程中产生的副产物。
HBeAg在急性乙肝潜伏期的后期出现，略晚于HBsAg。HBsAg在血内的高峰期也是HBeAg的高峰期，进入恢复期，它随着HBsAg的消失而消失。若急性乙肝发病3～4个月后HBeAg转阴，表示预后良好；若持续阳性，则有乙肝慢性化的可能。
但有一部分慢性乙肝病人的HBeAg虽为阴性，但仍可在血液中检测到HBV颗粒，HBV-DNA仍可呈阳性，肝脏中仍有炎症反应的持续，且病情相当严重。经核苷酸序列分析证明，这些慢性乙肝患者HBeAg阴性是由于HBV的基因突变，即HBV基因的前C区核苷酸序列改变，阻止了HBeAg的形成。
HBeAg阳性，不但在血清中可能发现有完整的乙肝病毒（Dane颗粒），而且说明它们在体内的复制活跃，HBV-DNA含量增加，DNA-P活性升高，均可表现为强阳性，同时抗HBc?IgM也可能阳性。说明HBeAg阳性是乙肝病毒的重要的传染性指标，它的出现，说明病人有很大的传染性。HBeAg滴度高，更提示HBV的活动性复制，传染性极大（80%～100％），若当接触者无意刺破皮肤后接触到这种病人的血液，则易患乙肝，但接触到HBeAg阴性的血液则不易患乙肝。HBsAg及HBeAg双阳性的血清稀释到1/4万时仍有传染性。
血中HBeAg持续阳性，说明HBV的复制也是持续性的，持续性的复制必然伴有肝细胞的破坏，破坏程度的大小可表现为慢性迁延性肝炎、慢性活动肝炎及活动性肝硬化等的肝功能中转氨酶持续升高或反复升高，这些患者往往伴有HBeAg阳性。
但有不少的慢性HBsAg携带者或慢性无症状乙肝的患者的肝功能一贯正常，而常常伴有HBeAg阳性。这是因为虽然有HBV复制，但肝细胞破坏轻微，何况人的肝细胞的再生能力和代偿能力很强，一部分肝细胞的再生足以代偿部分肝细胞的破坏，所以临床上既不表现为肝功能异常，也不出现临床症状。
