肝穿刺活检近年来已经越来越受欢迎，由于肝穿刺方法的不断改进，普遍应用Menghini1秒肝穿刺法，操作简便安全，成功率高，对人体无害。肝穿刺活体组织检查已被广泛用做肝病重要的诊断方法，很多临床诊断困难的肝脏疾病，如各型病毒性肝炎（尤其是慢性迁延性肝炎和慢性活动性肝炎的鉴别）、肝癌（包括原发性肝癌和肝脏转移癌）、肝结核、酒精性肝病、肝肉芽肿、血吸虫病、脂肪肝、原发性胆汁性肝硬化及各种代谢性肝病（肝豆状核变性、血色病、肝糖原累积病、肝脏淀粉样变性等）。并且应用免疫荧光法、免疫组化法和原位杂交法检查肝活检组织中病毒性肝炎的标志物，可以作为各型病毒性肝炎的病原学诊断。
同时，可以作为肝病治疗后疗效考核的指标，根据治疗前后肝活体组织病理的变化判定疗效。目前，在慢性病毒性肝炎及重型肝炎的疗效考核上，应用较广。
肝活检还可作为肝病的病情和预后判断的可靠指标，例如，重型肝炎病人用肝活检观察病变的性质，如以肝细胞水肿为主，则病情较轻，预后较好，病死率较低；如以肝细胞坏死为主，且活的肝细胞残存率较低，则病情严重，预后较差，病死率高。肝活检还被用做病毒性肝炎发病机制的研究等。
但肝活检亦有它的缺点和不足，因肝穿刺取材量较少，取材部位的病变不一定能代表整个肝脏病变等因素，肝活检诊断肝病有它的局限性，因此，必须结合病史、临床表现和实验室检查进行全面综合性分析和判断，才能得出正确的诊断。
肝穿刺活检对有出血倾向，如出、凝血时间延长，凝血酶原活动度降低，血小板减少等；明显梗阻性黄疸，肝内、外胆管扩张者；肝脏瘀血；肝内及肝脏周围有化脓性感染；肝包虫病；肝脏血管瘤；肝囊肿及病人不能合作等，均不宜应用。
