非酒精性脂肪肝病因复杂得多，根据病因，NAFLD又分为原发性和继发性两大类，人们通常所指的NAFLD就是指原发性NAFLD，临床十分常见，它与胰岛素抵抗和遗传易感性相关，多为肥胖、非胰岛素依赖型糖尿病等相关的代谢综合征累及肝的一种病理学改变；而继发性NAFLD包括了由药物（包括激素）、全胃肠外营养、减肥后体重急剧下降、工业及环境毒物中毒、遗传代谢性疾病等许多明确的病因所致的脂肪肝，热量和蛋白质摄入不足导致的营养不良性脂肪肝主要见于某些贫穷落后地区儿童或一些慢性消耗性疾病患者。要诊断为非酒精性脂肪肝的患者首先要排除过量饮酒的情况。因为折合酒精每天摄入量男性＞60g（每周420g）、女性＞40g（每周280g）的脂肪肝属于酒精性肝病的范畴。亚太会议将折合酒精每天摄入量男性＜20g（每周140g）、女性＜10g（每周70g）的脂肪肝作为“非酒精性”肝病的诊断标准已达成共识。饮酒量介于两者之间的患者其肝损伤的原因难以确定，处理这类患者时须考虑酒精和代谢因素并存的可能。
当前大量的国内外研究提示，引起脂肪肝常见原因有过量饮酒、肥胖症、糖尿病、高脂血症、营养不良、某些毒物和药物及遗传等，前4种因素最常见，有时几种病症因素可并存。脂肪肝与肥胖、糖耐量减低、糖尿病、血脂异常、胰岛素抵抗等因素密切相关，这些伴随因素可以单独存在，也可以多种并存，其中腰臀比值升高及高血压、血脂紊乱每增加一项，脂肪肝的危险性增加1～99倍。因此了解引发当前脂肪肝的危险因素也至关重要。
