肝穿是利用穿刺器材的负压吸引原理，从肝脏中取出长约1cm、细如大头针一般的肝组织做光学及电子显微镜检查，也叫肝活体组织检查，肝穿刺活体组织检查对肝病的诊断和预后是有价值的，危险性极小。操作在局麻下施行，病人仅有轻度不适。目前临床应用负压吸引技术在超声波的指导下实施，简单、安全，已在临床上广泛应用。
1用于肝内外许多疾病的鉴别诊断有的患者肝脾大、肝区痛、出现黄疸及肝功能异常，在做多项实验室检查、X线片、B超、CT及磁共振检查之后，仍然不能明确到底是肝炎还是其他什么疾病，此时就应进行肝穿，进行肝组织学检查。有的患者症状不多，但黄疸深重，肝脏明显肿大；有的患者症状和体征都不明显，但转氨酶持续升高；有的患者甲胎蛋白检测滴度较高，B超未提示肝癌；有的患者为了观察药物的确切疗效，这些情况下都可考虑进行肝穿检查，其结果往往具有权威性。下列疾病都可以通过肝穿最终确诊：肝硬化、脂肪肝、肝吸虫、肝脓肿、肝结核、疟疾、肝淀粉样变性、肝肉芽肿、体质性肝功能不良、家族性非溶血性黄疸和慢性特发性黄疸，甚至肝癌。可见肝穿是诊治中不可缺少的手段。
2鉴别黄疸的性质和原因：患者出现了黄疸现象，病史、临床试验室检查、影像学检查仍不能确定黄疸的病因时，可以做肝脏活体组织检查。Gibert病，DubinJohnson综合征，Rotor综合征等，可经肝穿而确诊。黄疸深重者肝穿可鉴别是肝细胞坏死，还是肝内胆汁淤积；是肝寄生虫病还是肝脏肿瘤。通过肝穿明确病因，指导治疗，了解预后。但需要指出，深度黄疸患者做肝穿是有危险的，只在观察治疗8周后诊断仍不十分明确时，才考虑做肝脏活体组织检查。
3鉴别肝炎的临床类型：慢性肝炎的病理分类，单靠临床难以分清，但它们的预后不一样，目前慢性乙肝可以分为轻度、中度、重度、重型等，病理诊断主要是通过汇管区炎症、界面炎症、桥接坏死等肝穿组织检查界定。慢性活动性肝炎和早期肝硬化的鉴别也很困难，慢性活动性肝炎经适当调治，病变是可逆转的，若出现肝硬化，是难以逆转的。还有暴发型肝功能衰竭的肝坏死型，几乎大部分肝细胞死亡，如肝穿发现其肝细胞是水肿变性型，则80%有可能救活，说明组织变化不同，预后截然不同。病毒性肝炎而又无明确的实验室指标时，肝穿活检能提供明确的病理诊断以指导临床治疗及预后的判断。
4作为选择用药的依据：现治疗乙肝较为公认的抗病毒药物是干扰素和拉米夫定，只有在合适的时机选择使用，才能获得良效，一般认为肝穿组织学检查，肝脏炎症活动度(G)处于2～4级时用药最好，所以，在使用抗病毒药物之前，先做肝穿检查，可以做到有的放矢。
5作为判断药物治疗效果的指标：药物的疗效不能单凭患者主观感觉，化验检查也受各种技术因素的影响，而肝穿提供的肝组织依据比较客观确切，如果治疗前肝穿组织学检查显示炎症活动度和纤维化程度为G3S4，治疗后为G2S3，说明疗效良好。
6明确酒精性肝硬化的诊断与分期：其检查结果常具有特征性，而且可发现不可逆性肝纤维化与可逆性炎症的程度。
7.诊断肝脏肉芽肿病变和其他病变：如肝结核、波浪热、组织胞浆菌病、球孢子菌病、黄疸出血型钩端螺旋体病及肝阿米巴病、立克次体病、蠕虫病等。
8.诊断肝脏有无浸润性病变以及某些代谢性病变，如肝脏肿瘤、肝糖原累积病、肝脏淀粉样变性、单核巨噬系统疾病、肝豆状核变性、血色病等。
