城市里普遍使用合格的自来水，饮用开水或纯净水，水源被污染的机会较少。而在农村特别是贫困的边远地区，或在突发洪涝、地震等自然灾害影响下，水源污染常常是肝炎或其他肠道传染病流行或大流行的根源，世界上和国内已有多次因水源污染而引起戊型肝炎或其他肠道传染病流行的教训，为预防肠道传染病一定要加强水源保护。
保护好水源首先是要严防饮用水被粪便污染，特别是赖以饮用的井水、河水、湖水、池塘水、涝坝水等，须经漂白粉消毒，余氯量保持在0.3毫克/升以上;医疗单位的粪便及污水必须经过消毒处理，达到一定标准后才能外排;在边远地区或农村，要指导建立良好的厕所，做好龚便管理，避免因下雨使龚便外溢，污染环境和水源。另外，要大力宣传讲究卫生，养成不饮生水的习惯，中、小学或集体单位实行供应饮水时，必须供应开水或纯净水，以防传播疾病。
遭遇洪涝、地震、台风、海啸等重大自然灾害的突发事件时，水源污染常是最严重问题，预防不力就可能造成传染病流行，为了防止大灾后的大疫，首先应保证灾民清洁水源供应，处理好水源的消毒和清洁，以防肠道传染病的发生和播散。平时，要保障水源环境，不被污染，还应管理好牲畜，防止畜粪进入水源，加强有害、有毒物质处理，以防对水源的污染等。
