对于顽固性极度肥胖症患者，经饮食控制、增加运动、药物辅助等治疗无效，而患者有呼吸暂停、心力衰竭、静脉炎、关节炎等并发症者，常需进行手术治疗。手术方式主要有空-回肠短路手术、胃短路手术以及胃成形手术。目前，这些手术治疗肥胖均处于实验阶段，减肥效果并不令人满意，并且常发生严重的并发症，如腹泻、营养不良、骨软化以及食管、胃扩张、脂肪性肝炎和失代偿期肝硬化等。因此，减肥手术在肥胖病治疗中的价值有待进一步证实。
国外有研究发现，肥胖者进行空-回肠短路手术后，由于术后体重迅速下降、蛋白质及热量摄入不足以及肠内毒素吸收入血等原因，常引起脂肪肝进行性加重，术后15年约10%的患者发生脂肪性肝硬化。所以，即使是重度肥胖，外科手术也不作为常规治疗措施，并且应审慎选择手术方式。胃成形术相对较空-回肠短路手术要安全。减肥手术后必须终生随访，随时补充矿物质和维生素。
