特别需要说明的是，耐药是核苷（酸）类似物治疗中不可避免的，通过规范的抗病毒治疗与及时的随访全面检测，耐药是可以预防和控制的。我国2010版《慢性乙型肝炎防治指南》明确提出，应当对慢性乙肝患者进行优化治疗，即对于符合适应证的患者方可进行抗病毒治疗。换言之，如果患者HBV DNA阳性，但ALT是正常的，这个时候应该抗病毒吗？回答是否定的。如果在这个时候抗病毒的话，今后发生耐药的可能性是很大的。《慢性乙型肝炎防治指南》还提到，应该在治疗24周时对患者进行应答评估，如果不完全应答，应该加用无交叉耐药的药物进行联合治疗，因为早期应答不佳，远期应答率低，耐药率发生高。因此，定期的随访，全面检查也是至关重要的。
一旦出现耐药，如不及时进行有效的挽救治疗，患者将面临治疗效果丧失、病情反复甚至恶化等严重后果，给患者带来沉重的经济负担和精神负担。因此，患者要有良好的依从性，定期随访检查，与医生及时沟通，一旦发生耐药应立即加用与原治疗药物无交叉耐药的药物进行挽救治疗。当然，如果条件允许，患者应在初始治疗时就选择聚乙二醇干扰素α或强效持久抑制病毒、低耐药率的核苷（酸）类似物。
总之，乙肝治疗过程应重视医患沟通，医生应从专业角度帮助患者选择最佳治疗方案。
