有的患者反复用药治疗，有的患者未经特殊治疗，也会出现乙肝病毒指标的阴转，最常见的是“大三阳”转为“小三阳”或是“小二阳”，有时甚至于转为表面抗体和核心抗体阳性。病毒指标虽然转阴了，病情却越来越严重。具体表现为：症状、体征不断加重，疲乏劳累，腹胀纳差，面色萎黄或黧黑，肝掌，蜘蛛痣明显等等；肝功损害加剧，转氨酶、黄疸反复升高，白蛋白下降明显，球蛋白日见上升，凝血机制恶化；影像学检查揭示病情向严重方面演变。如果遇到这种情况，说明上述病毒阴转带来了不良的后果，这些阴转大都是病毒变异造成的。
病毒变异的形式多种多样，变异的后果也是相当复杂的。病毒变异本身说明病毒是一种适应性极强、生命力顽强的生物体，它并非那么容易被消灭。乙肝病毒前Ｃ区基因变异是最常见的一种变异，变异后，使乙肝病毒表面抗原不能产生，以致检查表面抗原为阴性，但它并不代表病毒复制的减轻或消失，病毒复制依然在暗中进行，使病情迁延不愈，容易发生肝硬化，甚至于发生暴发性肝坏死。另外，乙肝病毒的Ｓ基因区也可发生变异，其编码的乙肝表面抗原不能产生或表达，患者可出现表面抗原检查阴性，这在过去看来，是乙肝根本治愈的标志。而实际不然，它不仅导致医生的误判，还是导致乙肝疫苗接种失败的原因。
因此，乙肝的抗病毒治疗是治疗的关键所在，但是目前尚无绝对有效的药物。乙肝的治疗仍然提倡保肝、提高免疫、抗纤维化及抗病毒等项综合治疗，单打一的治疗往往难以奏效，治疗过程中不必一味要求病毒指标阴转，而应首先强调肝功能长期正常及稳定。从我国实际情况出发，应尽可能少用那些疗效不确切、价格昂贵的进口西药，而应强调以中医药为主的治疗原则。从目前临床情况看，中药制剂治疗乙肝起着主打作用，其特点是有效且价格低廉。从目前临床看，乙肝治疗应把握这样一个原则：任何一个迁延性或活动性的乙肝，其治疗的目标是将其恢复至乙肝的初始阶段，即乙肝病毒的携带状态，并使其长期稳定于此状态；对于乙肝病毒携带者，可视为基本正常状态，不必刻意用药治疗，只要做好复查、随访、预防等项工作即可。在实际生活中，应严格区分乙肝病毒携带者和乙肝患者，前者可划归正常人群，无须特殊治疗；后者才是真正的患者，必须进行治疗。
