甲胎蛋白由新生儿的幼稚肝细胞分泌，胎儿的肝细胞没有发育（分化）完全，分泌的甲胎蛋白量很大，所以孕妇的甲胎蛋白会阳性。肝癌是尚未分化的肝细胞，能大量分泌甲胎蛋白，甲胎蛋白升高应该想到是否可能患有肝癌。
但慢性肝炎患者也可能产生甲胎蛋白，如较重的慢性肝炎、肝衰竭和肝硬化，许多肝细胞破坏，被广泛的纤维组织所替代，当有活跃的炎症坏死时，肝细胞必须快速增生，才能维持生命，大量新生的肝细胞会分泌大量甲胎蛋白。所以肝炎和肝硬化患者甲胎蛋白阳性表示病变较重，但肝细胞增生可补偿被破坏的肝细胞。应到医院全面检查，以明确诊断。
