根据病人的症状、体征、化验结果，临床上只能肯定比较晚期的肝硬化。对于非常早期的肝硬化，只有依靠病理学检查。当前做肝脏活体组织检查所得的结果被称为金标准。
从病理上常可发现活动性肝硬化的时间间隔———实质界面因炎症反复而显的界面模糊。假小叶中的肝细胞呈肿胀、气球样变性，与有些炎症坏死的残留物均可存在于扩展的纤维化组织中；肝内胆小管增生显著，炎性细胞明显浸润，并可见散在灶性坏死。目前资料肯定：经肝穿刺作组织学诊断对活动性肝硬化的特异性将近100％，其灵敏性约70％。
广州南方医院骆抗先教授提示：乙肝相关性肝硬化在B超上常可见大小结节混合型。而穿刺仅能获得大结节的一部分，所以可出现漏诊。做B超及其他影像学检查则可能显示整个肝表面凹凸不平，不光滑，肝实质呈现不均匀，甚至呈“菠萝肝”特征。如果能将影像学检查与肝活检结合，就能较肯定地对肝硬化微细与大体结构的描述作出正确的判断，弥补单纯依肝穿刺可能作出不全面的结论。
