长效干扰素疗效要明显优于普通干扰素，以下数据来自目前在我国正式上市的派罗欣的临床研究。
临床试验结果表明：派罗欣较普通干扰素降低HBeAg定量作用迅速而持久，180μg效果最佳。此外，在联合应答、HBeAg转阴/血清转换、HBV-DNA抑制和ALT复常方面，派罗欣均优于普通干扰素。在派罗欣治疗乙肝的研究中可以观察到，发生HBeAg转换的病人HBeAg定量显著下降，在治疗后的随访期间仍维持最低水平，HBV-DNA也能维持低水平。一项覆盖19个国家、1500名病人的慢性乙型肝炎研究显示，派罗欣对治疗HBeAg阳性乙肝（大三阳）和HBeAg阴性乙肝（小三阳）均有显著疗效，疗效优于现有抗病毒治疗方案。全球三期临床试验的主要研究人，法国著名肝病学家PatrickMarcellin教授说：“在接受了48周派罗欣治疗后，大部分慢性乙肝患者获得持续的病毒抑制。在临床试验中，派罗欣对HBeAg阳性（大三阳）和HBeAg阴性（小三阳）这两种类型的慢性乙型肝炎疗效显著，临床试验结果支持派罗欣作为治疗乙型肝炎的一线临床用药。”
在治疗丙肝方面，长效干扰素也效果突出。派罗欣联合利巴韦林治疗方案已被2002年出台的《中国丙型肝炎防治指南》推荐为治疗丙肝的首选用药方案。慢性病毒性丙肝是一种难治的疾病。患者的病毒基因型不同是影响治疗效果的一个重要因素。较之乙肝病毒，丙肝病毒善于变异，导致其有11个基因型，50多种亚基因型。研究表明，中国和美国80％以上的丙肝患者属于基因1型，而英国则以基因3型为主。目前，干扰素被认为是惟一有效的治疗方法。然而普通干扰素对基因1型的疗效却不理想，导致在我国普通干扰素治疗丙肝的有效率只有10％～20％。长效干扰素派罗欣联合抗病毒方案对于最常见又最难治愈的基因1型丙肝病毒，达到了52％的疗效，而对非基因1型的丙肝病毒，疗效高达78％。这说明，派罗欣是当前最有希望治愈丙肝的药物。如果能在对病毒基因检测的基础上给病人制定个体化治疗方案，就可以大大提高治疗丙肝的效果。
