干扰素已较广泛地应用于临床，为抗病毒与抗肿瘤制剂，但其不良反应还是普遍存在的。最常见的是发热及流感样综合征，病人体重减轻、脱发、情绪激动、骨髓抑制致血细胞、血小板减少、轻度贫血，偶可发生神经系统损伤。影响内分泌系统功能，亦有产生干扰素抗体者。常见的不良反应及处理方法如下。
（1）流感样综合征：病人发热、寒战、全身不适、肌痛、头痛等，有时还可出现鼻塞、流涕、头晕、尿急等，而以发热最为常见。不论应用途径及剂量大小，病人均可有发热，一般在第1次注射后2～6小时发生，体温可升至38～40℃，6～12小时达到高峰，但24小时内均能自然消退。
发热若不高，不必特殊处理，嘱病人多喝开水，卧床休息，但发热若较高甚或高烧者，则应给予物理降温；亦可给布洛芬0.2克口服，消炎痛栓1枚直肠给药，体温便会很快下降。
（2）造血系统改变：抑制骨髓，降低外周血白细胞及血小板，白细胞减少通常发生于用药后数小时至数日。用药第1周，白细胞减少至40％～60％，而后趋于稳定。停药或间歇5天以上用药，白细胞可迅速恢复。主要是干扰素能可逆性地阻断白细胞从骨髓释放的缘故。长期应用可导致贫血，引起免疫介导的溶血性贫血和血小板减少，但极少见。通常可口服养血饮、复方阿胶浆等来纠正，亦可服利血生、鲨肝醇及氨肽素等药以升高白细胞及血小板。
（3）消化系统反应：如食欲缺乏、味觉异常、恶心、呕吐、腹泻、腹胀等。药量越大，症状越频繁，但一般不需治疗，较重者可对症处理。严重者应考虑减量或停药。
（4）皮肤反应：用药超过4个月者最常见不良反应是轻、中度脱发，偶有停药后更严重者。斑丘疹多发生于躯干和四肢，但多为暂时性的；还有发生潜在特异性反应，表现为弥漫性红斑及荨麻疹等。轻度皮疹多呈自限性，不必处理；严重者应考虑停药或减量，并给抗过敏治疗。
（5）肾脏损害：最常见者为轻度蛋白尿，亦不伴有血浆蛋白的减少。其他肾脏损害虽有报道但极少见。通常无需特殊处理，嘱病人多喝开水即可。
（6）对内分泌系统的影响：11-羟皮质类固醇增加，雌激素水平下降，高密度脂蛋白降低，出现尿糖，偶见高血钾、低血钙等症，还能提高血浆三酰甘油含量，但对胆固醇无影响。
（7）抗干扰素抗体的产生：部分病人治疗初期甚至未应用干扰素时即出现抗干扰素抗体，影响治疗效果。估计与个体差异有关，而与应用剂量、给药途径、时间长短及病人年龄无明显关系。
此外，尚可出现嗜睡、精神错乱、周围神经感觉异常等神经、精神症状，以及对心血管、骨髓系统的影响和对生长的抑制等，但发生极少。
