最常见的不良反应是类似流感症状，发生率为70%～80%。患者通常在注射第1针后的24小时内，出现发热，体温可达38℃～39℃，但很少超过40℃，可伴有头痛、肌肉酸痛、关节酸痛、乏力等等。
如果不超过38℃，医生建议患者多饮水和休息；当超过38摄氏度或患者觉得难受时， 给予一些解热镇痛药，如乐松或百服灵，可先吃一片。
过一周后第二针时，症状通常有所减轻，而等到打第3针之时，症状基本消失。
有研究者认为，这其实是干扰素调动了人体免疫系统参与乙肝病毒的“战斗”后，身体反应激烈所引起的一些症状，故不用过分注意。
