隐匿性乙肝是原因不明肝炎、肝硬化的重要原因。
隐匿性乙肝是原发性肝癌的重要原因，隐匿性乙肝患者发生肝癌的危险性比无隐匿性感染的患者高。
隐匿性肝炎病毒是经输血、血液透析及脏器移植传播的潜在危险源。
隐匿性肝炎患者在发生血液系统恶性肿瘤、人类免疫缺陷病毒感染、骨髓移植、肝移植、肾移植等情况时，使用免疫制剂和化疗药物后，可导致乙肝病毒复制，引起肝功能异常，甚至发生肝衰竭。
单项抗HBc阳性的患者，如果存在隐匿性乙肝病毒感染，可能是接种乙肝疫苗无应答的原因之一。
