在临床上，对于长期原因不明的肝炎和原因不明肝硬化，应想到存在隐匿性乙肝的可能。丙肝患者通过治疗，HCV RNA已完全清除，但ALT（丙氨酸转氨酶）仍升高且不能用其他原因解释（脂肪肝、药物肝损伤等），可能存在隐匿性乙肝。
一般可先查血HBV DNA，普通PCR已在临床中常规使用，但敏感度低，实时PCR可检测到血液中较低浓度的HBV DNA，对隐匿性乙肝诊断价值较高。
国内许多隐匿性乙肝是通过肝穿刺证实的，用免疫组化法从肝组织中查到HBsAg和HBcAg。因此，对原因不明的肝炎和肝硬化，提倡进行肝穿刺检查。实时PCR法也可从血液和肝组织中检测到HBV DNA。
