HBeAg在乙型肝炎潜伏期的后期出现，略晚于HBsAg，但消失较早，与HBV-DNA密切相关。
其临床意义为：
第一，可作为急性乙型肝炎诊断和预后指标，急性乙型肝炎进入恢复期后HBeAg一般会随HBsAg的消失而消失。如果急性乙型肝炎发病后3～4个月，HBeAg能够转阴，抗-HBe出现，则表示预后良好。
第二，有助于评价乙型肝炎患者或HBV携带者的传染性强弱。HBeAg存在于HBsAg阳性者血清中，说明血液中有病毒颗粒，多数HBV-DNA呈阳性，所以HBeAg阳性者具有很强的传染性。抗-HBe阳性者一般传染性较低，但若血清HBV-DNA阳性，可能HBV产生了变异，仍有一定的传染性。
第三，HBeAg阳性提示HBV在体内复制。
第四，在出现原发性肝癌时，HBeAg检出率降低，而抗-HBe、甲胎蛋白（AFP）增高，故在HBsAg阳性的肝硬化患者中，抗-HBe阳性、AFP增高，提示早期肝癌的可能。
第五，母婴传播中，孕妇分娩时HBeAg阳性可能增加母婴之间的感染率。
