HBsAg持续阳性的原因是HBVDNA已与宿主细胞DNA发生了整合，整合后的HBVDNA只能表达HBsAg，不能表达HBeAg和HBcAg，DNA也不能复制，故不能装配成完整的病毒颗粒，血中只有其外壳（HBsAg）是不会传染的。现所有的抗病毒药物对这种整合型的HBV无清除能力，不能进入细胞内杀灭病毒，只对细胞外病毒有一定效果。
整合后的HBV会不会再度活跃并能复制，长期整合在患者细胞DNA中会不会诱导癌变等问题尚有争议，有待进一步研究，但要定期（半年到1年）复查，如有临床症状表现，应及时到医院检查，了解其动态变化。
