所谓潜伏期，指的是肝炎病毒侵入人体后直到临床最初症状出现前的这段时间。潜伏期随病原体的种类、数量、毒力、人体免疫状态而长短不一。甲型肝炎的潜伏期为15～45天，平均为30天；乙型肝炎为6周至6个月，一般为3个月左右；丙型肝炎在输血后潜伏期平均为78周（5～12周），最长可达30周，最短只有2周（见于血友病病人）；丁型肝炎的确切潜伏期目前尚不明确，有人用丁型肝炎病毒（HDV）阳性血液输给HBsAg携带者，14天即出现转氨酶增高与类似乙型肝炎的临床表现；戊型肝炎潜伏期一般为40天（10～60天），较乙型肝炎和丙型肝炎短，但较甲型肝炎稍长。
大量资料表明，甲、乙、丙、丁、戊五型肝炎间均无交叉免疫力。但五型肝炎病毒可发生混合或重叠感染。甲乙、甲丙、乙丙、乙丁、乙戊、丙丁、丙戊间的先后感染均已有报道，甚至有一例丙型肝炎患者又感染甲型肝炎、乙型肝炎而发展为慢性肝炎的报道；最常见的是在乙型肝炎的基础上重叠丁型肝炎或丙型肝炎感染，促使病情加重或恶化。
