不幸的是，5％～10％的成人和大约90％的儿童，在急性期后并不能排除乙肝病毒。这些患者演变为所谓的“慢性”感染，即感染持续6个月或更长（通常许多年）。目前还不能断定为什么这么多的儿童演变为慢性感染者，但一般认为这是由于他们的免疫系统在被感染时还没有发育完全及部分儿童（至少新生儿在子宫中形成）对乙肝病毒的某种耐受性。
慢性乙肝是指急性乙肝病程超过半年，或原有乙肝、乙肝表面抗原携带史，本次又因同一病原再次出现肝炎症状、体征及肝功能异常者。若发病日期不明或虽无肝炎病史，但肝组织病理学检查符合慢性乙肝，根据症状、体征、化验及B超检查综合分析，可做出相应诊断。
在病原学诊断方面，指临床符合慢性肝炎，并有以下任何一项阳性。①血清乙肝表面抗原阳性或乙肝病毒DNA阳性。②血清乙肝核心抗体IgM阳性。③肝内乙肝核心抗原或乙肝表面抗原阳性或乙肝病毒DNA阳性。
值得注意的是：乙肝表面抗原持续阳性6个月以上，但无任何临床症状和体征，肝功能正常者，诊断为慢性乙肝表面抗原携带者，而不是慢性乙肝。
慢性乙肝一般可分为慢性迁延性乙肝和慢性活动性乙肝。慢性迁延性乙肝是病程超过半年，症状、体征、肝功能异常均不严重，不足以诊断慢性活动性乙肝。慢性活动性乙肝则体征、肝功能异常较明显。可有蜘蛛痣、肝掌、肝病面容、脾大、轻度黄疸等。
慢性乙肝也根据病情严重性按程度可分为慢性轻度乙肝（慢性迁延性肝炎）、慢性中度、重度乙肝（慢性活动性乙肝）和慢性重型乙肝。此四级划分，一级比一级重。划分的条件和依据是系统的肝功能检测，包括凝血酶原活动度、蛋白电泳、白蛋白与球蛋白的比值、血清胆红素的高低、丙氨酸转氨酶与门冬氨酸转氨酶的比值、胆碱酯酶等。
