目前没有任何药物能够彻底清除病毒，只能通过长期的抑制来控制病情进一步发展。因此，医生和病人都应清醒地认识到，治疗慢性乙型肝炎是一个长期而艰巨的过程。只有长期治疗才可能最大程度地抑制病毒复制，改善肝脏炎症程度，减少肝硬化和肝癌的发病率，提高生活质量和生存率。
目前，国际上公认的抗HBV药物包括干扰素、拉米夫定、阿德福韦、恩替卡韦及替比夫定等。干扰素品种很多，主要是α干扰素，每周注射3次或隔日1次;新近的长效干扰素只需每周注射1次，但疗程均为半年至1年;拉米夫定为口服药，疗程须1年以上(实际疗程远远超过1年，大多数均在2年以上)。阿德福韦对有拉米夫定所致耐药变异病毒者效果较好，现在推荐疗程为48周，，恩替卡韦及替比夫定为新的抗病毒药物，疗程亦较长。核苷类药物能抑制病毒复制，但不直接抑制病毒抗原的表达，与患者免疫关系较少，因缺少免疫控制，停药后病毒有可能又开始复制，导致病情复发反弹。
抗病毒治疗要根据适应证选择药物，掌握好剂量和疗程，有的患者在抗病毒治疗前考虑和准备不足，用药后出于短期疗效不理想、治疗中发生病毒变异，或迫于经济压力，未按疗程而中途自行停药，半途而废，还可能促使病情转变或加重，这种做法是不可取的。因此，在用抗病毒药物治疗前，应做好充分准备，长期打算，除非经专科医生同意，决不要自行轻易停药。
