核心抗原虽然在血中查不出来，但是它具有抗原性，能刺激人体的免疫系统产生出特异性抗体，即核心抗体。所以，检测核心抗体可以了解人体是否有过核心抗原的刺激，也就是说是否有过乙型肝炎病毒感染。核心抗体也是一项病毒感染的指标。
核心抗体通常于表面抗原出现后3～5周、临床症状出现之前在血清中检出。高滴度的核心抗体阳性常表示乙型肝炎病毒正在复制，有传染性。在急性期过后，核心抗体仍保持一定水平，并可持续存在数年至数十年。低滴度的核心抗体常提示乙型肝炎病毒既往感染。在乙型肝炎病毒携带者或慢性乙型肝炎患者，核心抗体也常呈阳性。另外，表面抗原已呈阴性者，核心抗体还可呈现阳性。因此，单项核心抗体阳性，不能肯定是近期感染还是以前有过感染。
为了确定患者是近期感染还是以前有过感染，常需要检测核心抗体免疫球蛋白M（抗-HBcIgM）和核心抗体免疫球蛋白G（抗-HBcIgG）。它们是核心抗体的两种不同成分，分别由不同的B淋巴细胞产生。当人体受到核心抗原的刺激后，先产生核心抗体免疫球蛋白M，它持续时间比较短，过一段时间才逐渐产生核心抗体免疫球蛋白G，后者能在体内保持较长时间。有时乙型肝炎病毒已经清除，而核心抗体免疫球蛋白G在体内仍存在，这时检测其他乙型肝炎感染指标已阴性，而仅核心抗体免疫球蛋白G阳性。因此，当核心抗体免疫球蛋白M阳性时，常表示是近期感染，乙型肝炎病毒在复制；当核心抗体免疫球蛋白M阴性而核心抗体免疫球蛋白G阳性时，则多表示既往有过感染。急性乙型肝炎可有两种情况，一种是真正的急性乙型肝炎，也就是说患者第一次受乙型肝炎病毒感染；另一种是患者原来属无症状携带者，现又急性发作，表面上与急性肝炎一样，但这两种患者血清中核心抗体是不同的。无症状携带者急性发作时血清中核心抗体免疫球蛋白M比较低或稍高；而真正的急性乙型肝炎患者，则核心抗体免疫球蛋白M或核心抗体水平很高，核心抗体免疫球蛋白G往往阴性或低水平。
乙型肝炎“两对半”检查是指检查乙型肝炎病毒的表面抗原、表面抗体、e抗原、e抗体和核心抗体5项指标，这5项指标在不同病期检查结果不一样，其传染性有差别。“大三阳”、“小三阳”是对乙型肝炎“两对半”检查结果最常用的称谓，所谓“大三阳”是指乙型肝炎“两对半”检查中表面抗原、e抗原和核心抗体3项呈现阳性，而“小三阳”则是指表面抗原、e抗体和核心抗体3项呈现阳性。
