慢性乙肝患者如何用药是每个患者最关心的问题，在疾病的不同阶段用药的方法也不同。
乙肝病人因病毒侵犯人体，并在肝细胞内异常复制引起，门诊、病房医生首先要用抗病毒药。目前抗乙肝病毒药首推干扰素（IFN），干扰素是一种广谱抗病毒药，它不能直接杀伤抑制病毒，主要通过细胞表面受体作用使细胞产生抗病毒蛋白，从而抑制乙肝病毒的复制，同时起到免疫调节作用，增强抗病毒能力。当前国产的普通干扰素分为α-2a、α-lb和α-2b，包括赛诺金、运德素、凯因益生、因特芬、安福隆、迪恩安等品种。长效干扰素的疗效优于普通干扰素，主要有派罗欣（聚乙二醇干扰素α-2a）和佩乐能（聚乙二醇干扰素α-2b），剂量根据患者体重和耐受情况而定，每周1次，皮下注射，疗程至少1年，如抗病毒和e抗原转化有效者疗程可相应延长。个别患者甚至用药2年或更长时间。
乙肝病毒寄生肝细胞后，是否发病常与人体免疫情况有关。因此为促进乙肝病毒抗原指标转阴，病人在抗病毒同时，常需要用免疫增强剂，如胸腺肽α1、胸腺五肽、粒细胞集落刺激因子、核糖核酸制剂、白介素-2、转移因子等，这些药物虽然可以在一定程度上调节人体免疫功能，但缺乏特效，对清除乙肝病毒方面的作用常因人而异且不宜长期使用。
治疗各种肝病都需要用保肝护肝降酶药，但一般只起辅助作用。降酶最多的制剂有五味子制剂、六味五灵片、双环醇片、甘草制剂、水飞蓟制剂等；如甘利欣为18α-甘草酸二胺，美能为复方甘草酸苷，治疗中均可发挥抗炎、解毒保护膜结构、抗生物氧化等作用，其他常用药还有多烯磷脂酰胆碱（易善复）、思美泰、强力宁、凯西兰和各种中成药等。
治疗肝细胞性黄疸的退黄药，最常用的是熊去氧胆酸片，进口的如优思弗胶囊，主要干扰胆酸和鹅去氧胆酸在小肠被吸收，从而降低血液中的胆盐水平，有利胆退黄作用，在慢性乙肝、胆汁淤积性肝炎、肝硬化或原发性胆汁性肝硬化均可使用。近年还有牛黄熊去氧胆酸制剂，临床上还常用苯巴比妥治疗胆汁淤积性肝炎，还常用茵栀黄制剂、藏茵陈、思泰美等治疗肝性黄疸。
乙肝病毒因人而异，但一般的乙肝患者常用药就是上述几类。
