干扰素的副反应除发热外，可能还有骨髓抑制，表现为粒细胞和血小板减少，多数病人不会降得太低，能大体维持在正常值的下限或略低可以继续治疗。停药后白细胞和血小板可以迅速恢复至治疗前水平。当中性粒细胞计数低于0.75X10 9/ml时，或血小板计数低于50X10 9/L时，最好停药观察，对症处理，可给予一些有助于提高血象的中西药。待血象恢复后可重新恢复治疗。
干扰素治疗也可能引起精神系统症状，如失眠、焦虑、抑郁、兴奋、易怒等表现，以抑郁为主，性格内向的病人更易出现抑郁症状。治疗过程中应密切观察，失眠者可服用镇静剂，如出现明显抑郁症状，应立即停止干扰素治疗。
其他还可能诱发自身免疫性疾病、甲状腺功能亢进和糖尿病等，其他如食欲不振、体重减轻、失眠、皮疹、脱发、头痛、头晕等，一般都不重，停用干扰素后常很快消失，不留后遗症。
