人体感染HBV后会针对病毒抗原产生相应的抗体，并能中和、清除病毒，这也就是人们常说的机体免疫功能。HBV包括了3个抗原抗体系统。
（1）表面抗原（HBsAg）和表面抗体（抗-HBs）；（2）e抗原（HBeAg）和e抗体（抗-HBe）；（3）核心抗原（HBcAg）和核心抗体（抗-HBc）
表面抗原（HBsAg）：是病毒的外壳，本身不具有传染性。机体感染HBV后最早1～2周能够在血液中检测出HBsAg，急性感染时血液中的HBsAg一般持续1～6周，最长可存在20周。慢性病人可携带很多年。除血液外，HBsAg还可以在体液和分泌液中检测到，如唾液、精液和尿液，它是HBV感染的一个标志，而不是无传染性的标志。
表面抗体（抗HBs）：常在HBsAg消失一段时间，机体进入恢复期后，抗HBs才会产生，它是一种对抗体有保护作用的抗体。接受乙型肝炎疫苗注射的人中有90％以上会产生抗HBs。抗HBs滴度越高，持续时间越长，保护作用也越强。
核心抗原（HBcAg）：HBcAg主要存在于HBV感染的肝细胞核内，是HBV复制的标志，由于检测HBcAg的方法比较复杂，故一般都不检测血清HBcAg。
核心抗体（抗-HBc）：在急性HBV感染中，抗-HBc的产生通常在HBsAg出现后3～5周。此时，HBsAg已经消失，抗-HBs尚未阳转。抗-HBc分为两型：IgM抗-HBc和IgG抗-HBc。IgM抗-HBc只存在于急性乙型肝炎病人和慢性乙型肝炎急性发作期；IgG抗-HBc滴度很高时也反映HBV活动复制，有传染性，常持续阳性多年并伴肝功能异常。低滴度抗-HBc是过去感染的标志。单一抗-HBc阳性者中有少数人存在低水平的HBV复制。
e抗原（HBeAg）：是反映HBV复制的常用血清标志物。在急性HBV感染时仅存在于感染的初期而消失较早。如果持续存在则预示疾病向慢性化发展。在HBV前C区发生变异时，e抗原可为阴性，但HBV-DHV却呈阳性，病变仍继续活动，甚至出现重症肝炎。
e抗体（抗-HBe）：当e抗原阴转后，e抗体和抗HBs同时出现，表明病毒复制停止，病变稳定。在慢性感染者中，每年大约有15％的HBV感染者自发e抗体阳转。近年研究认为：在e抗体阳性的慢性肝炎病人中，多数仍存在低水平HBV复制，并有肝功能反复异常，这一现象与HBV前C区变异有关。在血清e抗原和e抗体均阴性的慢性感染者，有的表示病毒已清除，但体内未产生e抗体，疾病可痊愈；有的是HBV暂时受到了抑制，e抗原经过一段时间后仍可再阳性。
