甲肝抗原、甲肝病毒核糖核酸、甲肝病毒颗粒，在临床症状出现前几天，即可在血清或粪便中检出，但在丙氨酸氨基转换酶升高或达高峰时迅速消失，在血清中存在时间极短，且检查方法较繁琐，故一般不作为甲肝的实用性诊断方法。
血清甲肝抗体在发病后1周滴度逐渐升高，病后第4周，100%的患者血清均能检出甲肝抗体，并且抗体可以在血清内存活数年到数十年。由于出现晚，故不能用于早期诊断，而且如依靠甲肝抗体诊断甲型肝炎，需采集急性期和恢复期的两份血清标本，恢复期抗体水平比急性期高出4倍以上，方能诊断。目前临床上已很少采用，只用于流行病学调查。
目前临床上早期诊断甲型肝炎的特异性方法是检测甲肝抗体M型免疫球蛋白（抗HAV-IgM）。在临床症状刚出现时，甲肝抗体M型免疫球蛋白开始增加，第2周可至高峰，一般持续2个月。甲肝抗体M型免疫球蛋白敏感性好，特异性高，而且简便、快速、易于大量检测，故临床上广泛应用。个别患者开始时可呈阴性，2～3周后复查即可出现阳性，故临床上疑为甲型肝炎，而抗HAV-IgM阴性的患者，最好复查1～2次。
另外，有的医院查患者唾液中的甲肝抗体M型免疫球蛋白阳性率也很高。这种非侵袭性的检测方法对小儿特别方便。
