干扰素和核苷酸类药物是世界范围内批准的治疗慢性HBV感染的两种药物，但应严格控制其适应症。ALT正常的患者对干扰素或核苷酸类药物的治疗反应都不好。因此，对这类患者不推荐用该药治疗。处于HBV复制期，同时，有ALT高于正常值上限2～5倍者，干扰素或核苷酸类药物可任选其一。但在选择核苷酸类药物或干扰素时，患者及其医生应考虑到疗程的差异，以及每一药物可能引起的不良反应。常规不推荐在干扰素治疗前应用激素。其他的联合治疗方案尚待评价。
对于HBeAg阳性、ALT在正常参考值上限1～2倍的患者，以及HBeAg阴性，但HBV-DNA阳性（前C区变异）的病例，单用干扰素对此疗效不佳。可考虑联合用药。推荐干扰素疗程为4～6个月，不论其是否产生应答。干扰素治疗结束后，建议继续观察6～12个月，以便发现是否发生延迟应答或确定应答是否持续，从而确定是否需要再治疗或其他治疗。鉴于在拉米夫定，长期治疗过程中有可能出现“YMDD变异”，一旦连续两次检测（相隔1个月）发现HBeAg已发生血清转换及HBV-DNA转阴，即可停药。对于HBeAg阴性、HBV-DNA也阴性，但ALT持续升高者，是否应用干扰素或拉米夫定目前尚无统一意见，应根据临床应答及肝脏疾病的严重程度而定。
