脂肪肝是一种多病因引起的获得性疾病，去除病因和积极控制原发疾病对脂肪肝的防治至关重要。轻度或中度脂肪肝，即使已发展至脂肪性肝炎或肝纤维化，如能去除病因和控制原发疾病，肝组织学改变仍可获得好转，甚至完全恢复正常。
在脂肪肝的病因治疗过程中，首先应明确脂肪肝可能的病因及诱因，尤须注意易被忽视的因素，如药物的不良反应、接触工业毒物中毒、L-肉碱缺乏状态、蛋白质-热量营养不良、胃肠外营养、甲状腺功能亢进或减退、肝豆状核变性、妊娠呕吐和妊娠中毒症、重症贫血以及心肺功能不全的慢性缺氧状态等。并综合评估患者的全身情况，如是否伴有胰岛素抵抗和糖尿病、高血压、高血脂、冠心病、脑动脉粥样硬化以及酒精依赖症和戒酒综合征等。对于慢性非酒精性脂肪肝的患者来说，并存的动脉粥样硬化性心脑血管疾病可能为患者的主要矛盾，应优先考虑治疗。同时注意区分不同病因及不同起病形式的脂肪肝诊疗方案的异同，如急性脂肪肝和慢性脂肪肝、酒精性脂肪肝和非酒精性脂肪肝、营养不良性脂肪肝与营养过剩性脂肪肝的治疗原则迥然不同。例如，急性脂肪肝常需要立即收住重症监护病房进行抢救，而慢性脂肪肝则重在寻找病因和健康宣教及卫生干预。接诊医师如不能准确判断患者的病情并区别对待，则很难提高脂肪肝的治疗效果。
