急性甲、戊型肝炎可根据患者血清中抗HAV-IgM和抗HEV抗体阳性确诊。丙型肝炎可根据血清或肝内HCVRNA或抗HCV抗体阳性确诊。
乙型肝炎病毒有三种抗原，分别是乙肝表面抗原（HBsAg）、乙肝核心抗原（HBcAg）和乙肝e抗原（HBeAg）。他们在人体内可引起机体产生相应的抗体，即乙肝表面抗体（抗-HBs）、乙肝核心抗体（抗-HBc）和乙肝e抗体（抗-HBe）。这些抗原和抗体可用于乙型肝炎病毒感染的诊断标志。但由于用一般的方法在血清中很难检测到HBcAg，所以多数医院只检测HBsAg和抗-HBs、HBeAg和抗-HBe、抗-HBc（即乙肝“两对半”或乙肝五项）。
HBsAg为病毒的包膜，其刺激机体产生的抗体（抗-HBs）是一种中和抗体，可中和并清除乙型肝炎病毒，是机体免疫功能战胜乙型肝炎病毒的主要武器。HBeAg与病毒复制的成熟有关，常表示体内有完整的病毒颗粒（Dane颗粒）存在，具有传染性。同时，HBeAg又是在HBV复制过程中产生的副产品，因此，血清中的HBeAg也是病毒复制的标志。DNA的存在是HBV复制的可靠指标，DNA多聚酶在病毒复制过程中起反转录酶的作用，抑制DNA多聚酶的药物，可直接抑制HBV的复制，使HBVDNA阴转。
乙型肝炎可根据HBsAg、HBeAg、抗HBc和HBV-DNA中的任何一项阳性即可诊断为现症HBV感染。如在HBV感染同时或以后的血清中检测出抗HDV抗体或HDVAg或HDV-RNA，可诊断为丁型肝炎感染。
