干扰素主要用于治疗有HBV复制标志的慢性乙型肝炎病人，具体条件为：①乙型肝炎表面抗原（HBsAg）阳性（＞1∶32）者兼乙型肝炎e抗原（HBeAg）阳性者（P／N＞2.5以上），或乙型肝炎病毒去氧核糖核酸（HBV-DNA）阳性者。②半年内谷丙转氨酶（ALT）反复异常者。③肝组织炎症反应明显或肝组织HBsAg与乙型肝炎核心抗原（HBcAg）免疫组织化学染色阳性者。④血白细胞在4×109／升以上，血小板高于50×109／升者。
然而干扰素也并非治疗肝炎的万能良药，对有些病毒性肝炎病人却并不适宜，如①母婴垂直传播的新生儿：这是因为宿主产生免疫耐受形成慢性携带状态，故对抗病毒药不敏感。换句话说，这类婴儿体内干扰素产生正常，故不必再用外源性干扰素诱导激发。②3岁以内婴幼儿经水平传播而感染者：此类病儿的免疫系统淋巴细胞受到侵犯，导致T淋巴细胞和B淋巴细胞功能缺陷，形成持续携带状态，故抗病毒治疗不如成人期感染者有效。③存在肝内整合HBV-DNA者：因此类药物只能控制复制型的HBV-DNA，而少量整合型仍持续存在，一旦停药，该型DNA作为模板而使病毒再复制。④男性同性恋者：因此类人免疫功能不正常，所以使用干扰素无效。
