急性黄疸型肝炎并发甲状腺功能亢进（甲亢）的诊断一般并不难，需要加以鉴别的是：①甲亢本身引起的肝功能异常：大多较轻，且多无黄疸或仅轻微黄疸（平均28.4毫摩／升，最高也只60毫摩／升）。血清谷丙与谷草转氨酶轻度升高，最高仅为正常高值的1.5倍左右。而血清碱性磷酸酶值相对较高，可达正常最高值的1.5倍，甚至4倍以上。②抗甲亢药物所致的肝功能异常，如甲基硫氧嘧啶、丙基硫氧嘧啶、甲硫咪唑（他巴唑）等均可导致肝功能损害，甚至可以致死，但发生率极低。临床主要表现为淤胆型肝炎，偶可呈肝细胞性黄疸。病人在发生肝损害时多伴有其他过敏，如发热、皮疹、嗜酸性粒细胞增多等表现。如不伴有药物过敏表现而仅表现为淤胆型肝炎时，则应与肝外梗阻性黄疸相鉴别，而抗甲亢药物应用史在此时则有助于诊断。此外，皮肤斑贴试验、白细胞移动抑制试验和淋巴细胞转移试验（均以可疑药物作刺激原）阳性亦有助于诊断，必要时可停药观察，如停药后肝功恢复较迅速则提示药物引起之可能。
如表现为单纯肝细胞性黄疸，则应与病毒性肝炎相鉴别。除了上述用药史及各种试验外，病毒学指标检测阳性与否也有较高的鉴别诊断价值。如为阴性，又有用药史，则支持药物性肝炎的诊断；否则即应考虑为病毒性肝炎。
然而甲亢伴发无黄疸型肝炎或轻度慢性肝炎的诊断常较困难，因为二者都有血清转氨酶的升高。不过甲亢本身引起的转氨酶升高有以下几个特点：①转氨酶升高程度与病症的轻重程度呈正相关，最高者也不超过正常最高的1.5倍。②碱性磷酸酶（ALT）升高较转氨酶明显，且此ALP主要源于骨骼，与肝炎来自肝脏者不同。同工酶检测及γ-谷氨酰转肽酶（γ-GT）无明显升高均有助于诊断。③肝组织活检呈非特异性炎症反应。④应用抗甲亢药行治疗试验，肝功能常随甲亢病情的好转而正常。
至于甲亢危象（甲危）伴发病毒性肝炎的诊断也不太困难，主要是鉴别“甲危”本身引起的肝脏损害。一般说来，“甲危”引起的肝损害多较轻，其他有助于鉴别的检测项目及方法同上。且由于二者的治疗原则基本相同，故鉴别亦无大意义。
