由于免疫功能低下、代谢紊乱及多脏器功能受损，重症肝炎易发生各种并发症；而并发症反过来又加重了病情，促进病人的死亡。常见的并发症有：①肝性脑病：表现为性格改变，行为异常，睡眠节律颠倒，思维、理解、计算、定向等能力障碍，甚至意识障碍及昏迷。尚有出现扑翼样震颤和肝臭（呼气时有鱼腥味或烂苹果味），肌张力增高，踝陈挛，腱反射亢进等；②电解质紊乱和酸碱平衡失调：肝性脑病时，毒物刺激呼吸中枢引起过度换气致呼吸性碱中毒；低血钾可致代谢性碱中毒；而微循环障碍代谢紊乱和感染等，又可发生代谢性酸中毒；③出血；④感染；⑤肝肾综合征；⑥脑水肿。
最后因呼吸衰竭或脑疝压迫呼吸中枢而致呼吸骤停。此外，心肌炎、肺水肿、低血糖、急性胰腺炎、原发性腹膜炎等也是重症肝炎病人常见的并发症。
