如上所述，起源于肝细胞者称之为原发性肝细胞癌，或肝细胞性肝癌；起源于胆管细胞者称之为胆管细胞性肝癌。后者较为少见，在我国，约占原发性肝癌的5%～10%。
更为少见的是，一个肝癌灶内既有肝细胞起源的成分，又有胆管细胞起源的成分，是肝细胞性肝癌和胆管细胞性肝癌的混合体，称之为混合细胞性肝癌。
临床上，鉴别肝细胞性肝癌和胆管细胞性肝癌具有重要的意义，因为两者的处理原则和治疗方案有一定的不同。肝细胞性肝癌多有乙肝或丙肝病史、肝炎后肝硬化，易侵犯肝内血管，血道转移多，AFP多升高。胆管细胞性肝癌较少见，多无肝炎史，无肝硬化，淋巴转移多，肝门淋巴结转移多，大部分AFP不升高。组织学检查前者多为小梁型，后者多为腺管型。
