目前中医药针对脂肪肝治疗与研究尚处于探索起始阶段，还有不少问题亟待解决。
第一，脂肪肝多缺乏特异性临床表现，约半数患者无自觉症状和体征，这在某种程度上给中医临床诊断及辨证治疗提出了挑战，即如何在中医理论指导下，借助现代医学知识、仪器把“宏观辨证”与“微观辨证”有机结合，使辨证依据客观化、指标化，使识病治病的水平显著提高。
第二，临床和实验研究时应遵循科研设计的基本原则———随机、对照、重复的原则。目前，很多临床研究未能设立严格的纳入标准，纳入的病例数目不够，观察指标缺乏客观性，使得筛选的有效方剂和药物缺乏说服力。
第三，临床缺乏切合实际的统一的辨证分型、诊断及疗效判定标准。
第四，脂肪肝并非单一病因引起，应更有选择地对不同病因所致脂肪肝进行针对性研究探索。如酒精性与非酒精性脂肪肝二者预后差别大，应区分进行研究。
第五，现有的脂肪肝动物模型造模方法较多，但与临床实际仍有差距，应探索筛选出更符合人类疾病实际情况的动物模型。
第六，目前在中医药治疗机制和药理作用环节方面研究不够深入，研究多徘徊于药物对血脂、肝脂等有限指标影响的低水平重复上。故在今后的脂肪肝研究中，应当在中医理论指导下，从整体出发，拓展思路，加强对中医药多靶点作用机制的研究，充分发挥中医辨证施治的优势。
