乙肝病毒的基因组（HBV DNA）在HBV DNA聚合酶的作用下形成完整的环状DNA，这种DNA称作共价闭合环状DNA（即cccDNA），病毒基因以cccDNA为复制模板，不断地形成新的HBV DNA，大约每日可以生产1013个病毒体后代。
慢性乙肝是一种难治性疾病，不易彻底治愈的主要原因有：①尚无理想的抗病毒药物，难以彻底清除HBV。现有抗乙肝病毒药物都不能够直接清除cccDNA。只要肝细胞内有很少量的cccDNA，停药后肝细胞核内cccDNA又有可能再次发挥原始模板的作用，造成抗乙肝病毒停药后的反跳。②在HBV高速复制过程中由于缺乏复制的校正功能，受机体免疫因素、药物或其他因素的干扰，病毒为更好适应环境，可发生病毒变异，以逃避药物对它的抑杀，产生抗病毒药物耐药，增加乙肝的难治性。③患者存在对HBV的免疫耐受，使HBV不易被免疫清除，甚至终身在体内存留及不同程度复制。④乙肝病毒基因可与肝细胞核内相关基因整合，特别是X基因与肝细胞核基因的整合，可发展为原发性肝癌。⑤宿主免疫耐受或免疫功能低下。
