检测乙肝病毒脱氧核糖核酸的临床意义如下：
1．发现和鉴定非典型的乙型肝炎病例
以往诊断乙型肝炎主要靠测定乙肝病毒表面抗原（俗称澳抗）或“两对半”，如果乙肝病毒表面抗原为阳性，才可确诊，现在看来这种确诊方法有一定缺陷，它可能使多种非典型的乙型肝炎漏诊。而乙肝病毒脱氧核糖核酸检测犹如一把“魔镜”，可以识别出这些非典型的乙型肝炎。
2．准确判断乙肝病毒阴转的结果
以往认为乙型肝炎“大三阳”转为“小三阳”是病情好转、传染性降低的标志，现在发现并非完全如此，转阴可能是病情好转的标志，也可能预示着病情恶化的开始。好转者一般检查乙肝病毒脱氧核糖核酸为阴性，肝功能完全正常；恶化者检查乙肝病毒脱氧核糖核酸始终为阳性，肝功能反复异常。因此，乙肝病毒脱氧核糖核酸检测的结果可以判别“小三阳”的患者是好是坏，是稳定还是存在潜在恶化的可能。
3．保证血源的安全性
现在献血者排除乙型肝炎的检测方法是乙肝病毒表面抗原阴性、肝功能正常。这显然不够，这样做，可能会使一部分乙肝病毒表面抗原阴性的乙型肝炎患者成为献血者，所以，只有乙肝病毒表面抗原和乙肝病毒脱氧核糖核酸同为阴性者，方能排除乙型肝炎。
4．判断乙型肝炎患者传染性的大小
不管乙肝病毒“两对半”检查结果如何，不管HBeAg是否阳性或阴性，只要乙肝病毒脱氧核糖核酸检测为阳性，就可说明此时乙型肝炎的传染性强。
5．评价治疗乙型肝炎药物的疗效
考察某种药物治疗乙型肝炎是否有效，首先要观察该药对乙肝病毒复制的抑制作用如何。直接反映这一结果的指标就是乙肝病毒脱氧核糖核酸，其属性和数值的变化直接反映了疗效的好坏。
6．调查对乙型肝炎疫苗无反应的原因
有一部分“正常人”反复注射乙型肝炎疫苗，表面抗体始终不见产生，此时检查乙肝病毒脱氧核糖核酸，很可能发现其结果为阳性或弱阳性，提示这些“正常人”很有可能早已是“隐性感染者”了，此时打疫苗，已经起不到任何预防作用。
乙肝脱氧核糖核酸的检查有至关重要的作用，它是检验乙肝病毒的重要手段。
