感染了乙肝病毒后大约6个星期至半年后发病。通过输血和透析等途径传染的乙肝发病多在4周左右。潜伏期60～90天最常见，极限45～160天。
人体感染了乙肝病毒，由于病毒的数量、毒力及人体的免疫力不同，可产生各种不同临床类型和结果。除少数暴发型肝炎外，以下3种类型较为多见。
（1）正常人体感染乙肝病毒后，经过典型的急性过程或隐性过程，产生抗体清除病毒，而恢复健康，并有了抗感染能力。
（2）部分人由于免疫功能低下，感染病毒后，既不产生抗体也不导致病理反应，无明显症状与体征，肝功能正常，仅有表面抗原和核心抗体阳性，常被称为乙肝病毒携带者。其中部分人肝细胞或多或少有病理改变，大多数可转为健康，少数可转化成迁延性或慢性肝炎。
（3）免疫功能低下的人感染病毒后，不能产生足够的抗体而清除病毒，在肝细胞中的病毒可引起免疫性病理损伤，导致慢性肝炎；丙氨酸转氨酶（ALT）可反复升高，炎症迁延不愈，可导致肝硬化，极少数可发生原发性肝癌。
