在乙型肝炎治疗过程中，存在许多棘手的问题。例如：乙肝病毒的基因变异问题。乙肝病毒在抗病毒药物的强大压力下，会主动改头换面，以一种新的面孔出现，使原有的抗病毒药物失去靶点而无所作为，导致病情复杂化，严重化。甚至有时可出现“道高一尺，魔高一丈”的尴尬局面，抗病毒药物层出不穷，而乙肝病毒就是屡杀不死。
免疫治疗的“双刃性”问题。免疫增强剂虽可以提高免疫功能，发挥抗病毒机制，但如果过于强大，在杀灭乙肝病毒的同时，也会造成肝细胞的广泛性损伤，会出现肝脏的急性炎症反应。而免疫功能低下，则会使乙肝缠绵难愈。
进口西药的“水土不服”问题。从20世纪80年代起，为解决我国乙肝的难题，先后从国外引进了阿糖腺苷、无环鸟苷、干扰素、胸腺素、转移因子等抗病毒和免疫制剂，这些药物国外前期表现效果突出，到中国后则大打折扣。这可能与中国与欧美的肝炎基因型不一样有关，根据HBV全基因序列差异可以将HBV分为A～H8个基因型；各基因型又可分为不同基因亚型。A基因型慢性乙肝患者对干扰素治疗的应答率高于其他类型。我国乙肝基因主要以B和C为主，而欧美以A和D为主。再以目前研究比较深入的丙型肝炎（HCV）为例，HCV-RNA可分为50多种亚基因型，其中1型和4型对干扰素易产生耐药。而我国HCV-RNA1型感染者占丙型肝炎的80％以上，这就是为什么在欧美是丙型肝炎克星的干扰素，到了我国就疗效不佳的主要原因。
“治肝损肝”的问题。许多抗病毒药物本身对肝脏或其他系统就有明显的损害作用，当使用这些药物进行长期治疗时（因为乙肝的疗程往往是漫长的），很可能是旧病没去又添新病，出现药物性肝损伤或造血系统的抑制，或肾功能的伤害等。上述问题说明，我们需要一种以整体观点为指导，辨证论治的治疗学思想和方法，于是有着几千年传统的中医药便在乙肝的治疗中扮演了重要的角色。中医药在治疗乙型肝炎中积累了丰富的经验，大量的临床和实验研究证明，中医药不仅能有效地改善乙肝的临床症状，调整机体免疫功能，修复肝组织损伤，并且有较强的抑制和清除乙肝病毒的作用。根据长期的临床实践，我们认为湿热毒邪是乙肝的主要致病因素，人体正气逐渐衰减，气血运行不畅是乙肝慢性化，迁延化的主要原因。慢性乙肝早期以邪气实为主，肝胆湿热、肝胃不和；日久累及脾、肾，由实而转为虚实夹杂，由气病而转为气血同病。因此我们对慢性乙肝的治疗主张采取西医与中医相结合、祛邪与扶正相结合、药物疗法与非药物疗法相结合的“三结合”及抗病毒、护肝、调节免疫“三联”的治疗思路。详细内容见本章第十节。
