免疫清除期是乙肝抗病毒治疗效果最好的时机，因为这时体内免疫系统激活，进行有效的治疗，可以取得较高的治愈率。用一句通俗的话来形容，就是“四两拨千金”。何谓“四两拨千金”？就是利用机体免疫功能的力量，实现双方力量的转变，用较少的代价，换回巨大的收获，即古人讲的“机由己发，力从人借”。
免疫清除期又称病毒清除期，机体免疫系统被激活，对体内的乙肝病毒展开全面的清剿。其基本过程大概是这样，乙肝病毒释放的特异性抗原进入血液，刺激T淋巴细胞和B淋巴细胞，产生致敏淋巴细胞和特异性抗体，这些致敏淋巴细胞和特异性抗体对体内的乙肝病毒进行清除。
特征：乙肝两对半大三阳或小三阳，尤以大三阳为多，HBV-DNA水平较高，患者出现明显的临床症状及肝功能指标和肝脏病理指标异常（如肝脏活检异常或肝纤维化4项检查异常，B超或CT改变等）。
原因：病毒水平越高，抗原越多，免疫功能被激活的可能性就越大，因此能进入免疫清除期的患者多为病毒水平较高；此期患者的免疫功能被激活，免疫系统在杀灭乙肝病毒时对肝脏造成损害，所以患者出现明显的临床症状及肝功能指标和肝脏病理指标异常。
治疗指导：免疫清除期是清除乙肝病毒的最佳时机，效果最好。因为现有的抗病毒药物，无论哪一种都不能彻底清除病毒，只能抑制病毒的繁殖，要彻底清除病毒只能依赖人体被激活了的免疫系统，在抗病毒药物的抑制和体内免疫系统的清除双重作用下，可对体内乙肝病毒发起猛烈的攻击。在这一时期，肝功能的波动尤为剧烈，常常呈现一个先升后降的规律，即治疗前期（一般有1～2个月时间）转氨酶继续升高（但这种转氨酶的升高，一般不会出现临床症状明显加重和胆红素升高），随之下降，病情得到改善，病毒水平下降或HBV-DNA、HBeAg转阴。这一时期，要密切注意肝功能的波动情况和病毒水平的改变，如果肝功能升高的同时出现明显的临床症状，如恶心呕吐、厌食、黄疸等，以及胆红素明显异常，则应注意护肝降酶退黄的治疗。
