目前抗病毒药物仍然存在许多问题例如：新的抗病毒药物层出不穷，从早期的核苷类药物单磷酸阿糖腺苷、阿昔洛韦、泛昔洛韦、更昔洛韦等，到新一代核苷类似物拉米夫定、阿德福韦和恩替卡韦等，疗效不断提高，副作用减少，但这些新的药物最佳疗程应为多久？长期治疗的安全性如何？延长疗程后还会有哪些突变类型，这些突变类型是否影响疗效，变异后如何处理？合理的停药指标如何？停药后肝炎加重的发生率和程度如何，如何治疗？与其他抗病毒药物、免疫调节药物如何交替（或序贯）和联合使用？
尤其是目前最为困惑的合理停药后的复发问题，亟待解决。作者认为：解决复发问题，在当前条件下，可以通过综合疗法（例如几种抗病毒药物的联用、中西医的结合、抗病毒药物与免疫调节药物的合用等）、短疗程反复冲击治疗、延长疗程、替代停药等方法。
另一个令人头痛的问题是交叉性耐药性问题。核苷类抗乙肝病毒（HBV）药物具有交叉耐药的特点。例如：发生rtM204I变异或者rtL180M/rtM204V双变异的对拉米夫定耐药的HBV病毒对其他核苷类抗乙肝病毒药物也有不同程度的耐药性。要解决这一问题首先要彻底弄清楚耐药性产生的机制，改造抗病毒药物的结构，还有就是采取联合用药的方法。
