乙肝病毒基因变异可见于乙肝病毒基因序列的任何部位，但多发生在具有重要功能的区段内，可影响乙肝病毒的复制、表达、致病性及治疗。
乙肝病毒基因组系双股环状DNA，其核苷酸长度为3．2kb，它包括两个链：一个长度固定的负链和另一长度不定的正链。负链能编码全部已知的HBV蛋白质，而其正链开放读码区，不能编码病毒蛋白。负链共有4个开放读码框架（ORF），分别称作S区、C区、X区和P区，分别编码外膜蛋白、核心蛋白、X抗原和DNA多聚酶。它们都可以发生变异，但发生的频率、类型和意义不同。归纳起来有点突变（替换）、缺失、插入、重复、重组、重排等形式，其中以点突变最常见，其次为缺失和插入变异。
