一般常以不同的免疫状态来解释HBV感染的不同临床现象。然而，免疫应答不仅由宿主自身的遗传性和获得性素质、也由病毒的异质性所决定。HBV的异质性表现为不同基因型和病毒变异。
1．基因型不同基因型问的序列差异可致前基因组水平的结构差异，对病毒抗原的血清转换不同；在临床表现、抗病毒治疗效应和长期预后取决于感染病毒基因型的证据逐渐增多；然而，我国有不同情况。我国主要流行的是B和C基因型，B基因型几乎无例外的都与C基因型重组，而有相同的前C／C区段，故两者的某些生物学特性和感染后的临床发展并无显著差异。
2．病毒变异病毒在宿主的免疫压力下发生变异，许多变异可以逃避宿主的免疫清除；病毒采取的策略包括改变病毒蛋白表达从而改变免疫应答。免疫逃逸的变异毒株能使感染持续。有些变异毒株的复制功能明显增强，从而使病变加重；有些变异毒株对微环境的变化能灵敏反应，从而上调或下调基因表达。
3．血清病毒水平与HBeAg(+)感染不同，HBeAg(一)的慢性乙型病毒性
肝炎的血清病毒水平与组织病变程度一致，提示病毒数量或经病毒数量反映的因素可决定病变的发展。血清病毒高水平常表示复制活跃和有病变活动的高危性；反之，血清HBV—DNA水平很低常是非活动性疾病，可能仅轻度病变而无需抗病毒治疗。
4．病毒蛋白多种病毒的发病机制中主要取决于病毒蛋白的功能，病毒蛋白对感染肝细胞、肝内微环境和宿主抗病毒应答等。功能蛋白HBeAg对宿主免疫、HBx对宿主细胞生物学有广泛影响。（责任编辑：杰瑞）
