并不是所有的乙肝都适合用干扰素治疗。使用干扰素的适应证是：丙氨酸氨基转移酶（ＡＬＴ）高值，超过正常值１.５～４.５倍；肝脏的病变呈活动状态；血清胆红素（ＢＩＬ）低水平；血清乙肝病毒脱氧核糖核酸（ＨＢＶＤＮＡ）低水平；是水平传播感染者，也就是说不是母婴垂直传播的，而是其他人传染的。符合以上条件者使用干扰素治疗有可能达到使病毒转阴的目的，ＨＢＶＤＮＡ的阴转率大概为３０％～４０％。以下几种情况通常是不适合用干扰素治疗的，如：母婴、父婴垂直传播者；高黄疸的病人；伴有自身免疫疾病者。我国６０％～８０％的乙肝患者是垂直传播而感染的，不是干扰素治疗的适应证，所以这些人使用干扰素治疗一般收效甚微，也就是说我国绝大多数的乙肝患者不适合使用干扰素。不符合使用干扰素的病人勉强使用，不仅效果不好、开销很大，而且可能因药物的副作用而有碍健康。
另外，干扰素的疗效也不确定。目前，乙肝病毒还不能体外培养，不可能测定干扰素形成的抗病毒状态的灵敏性，因此，干扰素治疗慢性乙肝的最后结果只能是推测性的。乙肝病毒脱氧核糖核酸（ＨＢＶＤＮＡ）的血清水平越低，可能相对比较容易被干扰素清除；但如果超过２００皮克／毫升者多难以奏效。肝脏穿刺活检组织学显示已经有纤维化形成的病例效果也比较差。有些病人就是有治疗效果往往也是暂时的，治疗后只有１０％的病人观察４年以上ＨＢｅＡｇ、ＨＢＶＤＮＡ仍保持阴性，其他的病例病毒指标都可能再次转阳。
另外，干扰素治疗是否可以防止慢性乙肝发展成为肝硬化和肝细胞癌，尚无定论，还有待长期的随访观察。
