中药治疗乙肝也同样存在着不安全因素。有些中草药和中药制剂被证实具有明显的肝损作用，例如中草药苍耳子、贯众、雷公藤、天花粉、肉豆蔻、薄荷、川楝子等；中成药有小柴胡汤、复方青黛丸、消核片、克银丸等。因此，要避免滥用和超期、超量服用，对于民间验方、偏方一定要慎用，以防中毒。有药物过敏史或属过敏体质的患者，一旦出现药物性肝损害，一定要终止该药物使用，及时前往正规医院诊疗。
《中国慢性乙肝防治指南》中指出，苦参素（氧化苦参碱）系我国学者从中药苦豆子中提取，已制成静脉内和肌内注射剂及口服制剂。我国的临床研究表明，本药具有改善肝脏生化学指标及一定的抗乙肝病毒作用。但其抗乙肝病毒的确切疗效尚需进一步扩大病例数，进行严格的多中心随机对照临床试验加以验证。
